1994-95赛季，萨拉戈萨尽管三线作战，但仍继续表现出色。由于欧战前期压力较小，萨拉戈萨依然以联赛为主。第5轮，他们再次以2:1击败落日的巴塞罗那梦之队。第9轮，他们以3：2击败皇马。半场战罢，他们与巴萨积分相同，但净胜球稍少，排名第4。优胜者杯在次年3月的四分之一决赛中开始显现压力。联赛夺冠希望渺茫的萨拉戈萨也及时将更多精力投入到欧战中，在四分之一决赛中客场挑战费耶诺。在被拉尔森进球击败的不利局面下，主队依靠前皇马球员帕德萨和埃斯内德的进球以2:0逆转晋级。随后的半决赛，他们主场迎战切尔西，取得了3:0的佳绩。尽管第二轮1:3落败，但仍晋级决赛。那年决赛的对手是阿森纳。 1994年优胜者杯，球队击败了都灵（阿奎莱拉、卡尔博尼和塞伦齐领衔）、巴黎圣日耳曼（吉诺拉和维阿领衔）、帕尔马（拥有布洛林、阿斯普里拉、佐拉、贝纳里沃、森西尼等强队）夺冠球员，这次点球大战击败桑普多利亚，古利特、米哈伊洛维奇、隆巴多、尤戈维奇等人晋级决赛也是卫冕的一次尝试欧冠历史射手榜手榜，打破了优胜者杯无球队成功卫冕的记录，同时也洗刷了联赛低迷的阴霾以及格雷厄姆回扣事件带来的负面影响。决赛中，萨拉戈萨依然打出了惯用的442，而阿森纳后防线上的五名球员也悉数出战，其中包括门将希曼、中场帕洛尔和施瓦茨，以及前锋伊恩赖特带队，与之搭档。威尔士小将赫特森，整体阵型为532，赛前防守更扎实、欧战经验更丰富的阿森纳被看好。

这场比赛也被视为优胜者杯射手榜第一名和第二名的争夺战。此前，伊恩赖特和埃斯尼德分别打进9球和7球。不过，在实战中，擅长攻势足球的萨拉戈萨在一定程度上占据了主动。它用细腻的技巧掌握了更多的球权，并发起了几次有威胁的进攻。格拉汉姆纳手下的阿森打法本质上保守，注重防守反击。尽管格雷厄姆在当年2月因丑闻被迫下课欧冠历史射手榜手榜，但接替他的前助理教练苏格兰人休斯顿并没有改变基本打法，顶住了萨拉戈萨的进攻，双方陷入胶着状态。 。进球发生在下半场第15分钟。萨拉戈萨由埃斯内德率先破门，但比分立即被哈特森扳平。此后，双方再次陷入胶着，进入加时赛，但加时赛中两队也没有太多机会。不过就在加时赛结束前一两分钟，萨拉戈萨中场纳伊姆在中圈附近胸口停球，观察到阿森纳门将希曼站得比较靠前，于是将球停了下来。组织进攻后，他立即打出一记超远距离吊球。此时本就轻松的西曼对此显然还没有做好充分的准备。他犹豫了一会儿才做出扑救。然而，这一次皮球飞近球门，到达了西曼的头顶。来不及挡球的希曼，带球滚入球门。萨拉戈萨出人意料的进球，让整场比赛表现稳定的希曼显得逊色。这次失误导致球队决定性地战胜了对手，让球队赢得了历史上第二座欧洲奖杯。阿森纳作为最后两支有机会卫冕优胜者杯的球队之一，未能打破历史。

夺得优胜者杯的萨拉戈萨在1995年的辉煌之后经历了两三年的衰落，1999年左右再次崛起。当时的他们依靠的是451阵型和单中锋米洛什的快速反击战术。在维克的支持下，99-00赛季5:1皇马、4:2瓦伦西亚最终以16胜15平7负排名第4。不过，由于皇马夺得了欧冠冠军，西班牙足协经过权衡后决定欧冠历史射手榜手榜，皇马将取代萨拉戈萨获得欧冠资格。萨拉戈萨也队史首次失去了参加欧冠的机会。